女媧大神為了造福蒼生而創造的神兵獸，在新一輯故事中再次面臨挑戰！黑暗勢力元始天魔千方百計將神兵小將和神獸引領到神秘島國——「山外山」；天魔希望利用神兵小將的純潔和正義，獲得「山外山」五大守護圣獸的信任，將其圣潔的力量交予問天和天晶獸；然后再指使大壞蛋——無敵盟主看準時機，從他們身上奪取圣獸的力量以解除封印，美麗的宇宙隨即陷入被毀滅的恐慌之中。
　　在「山外山」旅程后，「神獸之鄉」的旅程又拉開帷幕。問天等人來到神獸學校修煉，居然卷入了一場布偶戰爭之中——布偶王子想讓所有神獸變成木偶！可是經過詳細的調查，發現外表邪惡來自于布偶樂園的布偶王子，竟是寬容與純真的兄弟！幕后主使的壞蛋三兄弟和蓋世太保（把寬容等人的三兄弟分散的邪惡神獸）在布偶王子背叛他們后趁機綁架布偶王子！他們一行人又怎么克服此次困難呢？