故事的舞臺是互聯(lián)網(wǎng)系統(tǒng)發(fā)達(dá)的都市「DEN CITY」。
　　在那里有經(jīng)由巨型企業(yè)「SOL技術(shù)社」通過高度的網(wǎng)絡(luò)技術(shù)構(gòu)筑而成的被稱為「LINK VRAINS」的VR空間。人們都在那個VR空間中為體驗到全新的決斗而狂熱。可是在「LINK VRAINS」中卻出現(xiàn)了利用決斗來進(jìn)行黑客行為的謎之黑客集團(tuán)「海諾因騎士團(tuán)」。而他們的目標(biāo)是將存在于互聯(lián)網(wǎng)的某處的“AI們的世界=電子界”毀滅。
　　然而在世界受到這樣的威脅時，有一名決斗者站了出來。而他的名字正是「Playmaker」。
　　在那場傳奇的戰(zhàn)斗中，「Playmaker」使用壓倒性的決斗將「海諾因騎士團(tuán)」打倒，成功捕獲了「SOL技術(shù)社」和「海諾因騎士團(tuán)」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后卻突然消聲匿跡了，而他的名字就在互聯(lián)網(wǎng)的世界中一瞬間變得聲名遠(yuǎn)播，成為了傳說。
　　而現(xiàn)在，作為「Playmaker」的正體的某位高中生藤木游作，為了尋找過去發(fā)生的某件事件的真相，對再次在「VRAINS」出現(xiàn)的「海諾因騎士團(tuán)」展開了追擊......  以此為契機(jī)，命運的齒輪就此轉(zhuǎn)動……
　　迷之AI的真身，「海諾因騎士團(tuán)」盯上「Link Vrains」的目的，以及隱藏在游作過去的真相到底是———
　　所有的答案，都在「Link Vrains」中