香港男人在深圳建立家庭，在香港工作，每天“沖關”，奔走中港兩地，面對工作及生活，這是每一個香港人及內地同胞所熱衷話題，【爸爸兩邊走】選擇了這題材為主軸，劇情以溫情倫理為主導，故事以寫實手法描述香港及內地人對婚姻及感情的看法，回歸之后香港及中國之間生活變遷為重點，以親情及愛情為原素。并以嶄新手法，以國內全實景拍攝作包裝，給予觀眾清新寫實的感覺。演員陣容鼎盛，包括：林韋辰、萬綺雯、張文慈、袁文杰、江美儀、吳廷燁、樓南光、呂有慧、謝雪心、杜挺豪等，全情投演，反影社會實況。
　　任職男護事的曾耀乾，帶著兒子曾誠到機場妻子接機，無意中發現了妻子方泗曼原來與上司楊永祥有奸情，耀乾曾經想挽救這段婚姻危機，無奈妻子將婚姻及事業掛了勾…結婚七年，妻子由一個護士晉升至行政經理，而耀乾還停留在男看護階段，夫妻的距離由近而遠，漸漸同床異夢。耀乾知道無法挽救這段婚姻，欲與妻子離婚，妻子感覺對家庭仍有責任，不肯離異，耀乾為了讓妻子死心，帶著兒子離去，回到深圳暫住。
　　耀乾一邊在香港工作，一邊要回到深圳照顧兒子，開始了爸爸兩邊走的生活，耀乾每天“沖關”時發覺，原來有很多香港人也是跟他一般的遭遇，每日奔走中港兩地，面對工作及生活。當耀乾漸漸適應了中港兩邊走的生活后，開始在國內認識了不少朋友，其中一個是弱視的鋼琴教師常萍，常萍雖然弱視，但人卻堅強，對生命充滿寄望，不但不需要人照顧，還能反過來照顧耀乾及曾誠…日久生情，耀乾與常萍漸成愛侶。
　　常萍有一個愿望，希望能參加全國音樂比賽，可惜身體殘疾使她不能如愿，耀乾想盡法子幫助常萍治好了她的眼疾，使常萍可以如愿，在數萬人面前表演鋼琴，常萍喜極而泣…而耀乾也在幫助常萍的過程里，在失敗婚姻陰影中爬起來，重新做人。當耀乾及常萍感情成熟，準備結婚之時，卻遇到最大的考驗…泗曼與永祥的感情告終，想吃回頭草，就算不能得回耀乾的愛，也要得回兒子曾誠…最后耀乾面對情義的抉擇，作出了一個肯定的抉擇…繼續爸爸兩邊走的生活。