這是一個外星人和地球人混居的時代，在外星移民的壓迫和統治下，流傳百年的武士道精神已然沒落，然而，在一片傾頹之勢面前，依然有一群人默默的遵守著他們的準則和正義。家道中落的青年志村新八（菅田將暉 飾）在一場意外中結識了萬事屋老板坂田銀時（小栗旬 飾）和天人少女神樂（橋本環奈 飾），三人成為好友。他們共同的朋友桂小太郎（岡田將生 飾）無故失蹤，經過調查，一個名叫岡田似藏（新井浩文 飾）的男人和一把名為“紅纓”的妖刀浮出水面。
岡田似藏是曾經的攘夷志士高杉晉助（堂本剛 飾）的手下，高杉恨透了這個墮落的世界，一直都企圖將它破壞殆盡。隨著紅纓的力量越來越強大，整個大江戶被籠罩在越來越濃重的陰云之下。
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