“反轉世界”是存在于這個世界內部的鏡子般不可思議的世界。那個美麗而規則的世界，是騎拉帝納棲居的特殊空間。然而帝牙盧卡和帕路奇犽的戰斗造成了時空的扭曲，“反轉世界”也因此完全被陰霾籠罩。由于自己的世界被污染而被激怒的騎拉帝納找到了帝牙盧卡，并想將其拖入反轉世界中。 “現實世界”，在繼續旅行的小智和皮卡丘一行的面前出現了一個小小的，幾乎看不見的精靈。那是有“花媚”之稱的感謝神奇寶貝潔咪。被卷入帝牙盧卡和騎拉帝納的戰斗的潔咪在千鈞一發之際從反轉世界逃出。小智一行帶著精疲力竭的潔咪前往神奇寶貝中心。 潔咪用心電感應將小智一行帶到了它的“葛拉西蒂亞花(グラシデア)花田”，并告訴他們在這“葛拉西蒂亞花”中隱藏著巨大的秘密。正準備離開神奇寶貝中心的小智等人遇到了前來捕捉潔咪的火箭隊。而與此同時，神奇寶貝中心外的裝飾品的鏡面上出現了“次元旋渦”，將火箭隊、潔咪連同小智一行人一起全部帶往了反轉世界。 從次元旋渦中脫出的小智一行人環顧四周，這里是倒立著一排排建筑物，空中處處漂浮著烏云的，廣大而不可思議的反轉世界。 就在這時，騎拉帝納突然出現，向潔咪發動攻擊。小智等人正要與騎拉帝納對抗，卻傳來制止之聲。說話者是名叫穆玄·葛雷斯藍多的學者，他告訴小智等人不可以讓騎拉帝納生氣。 正在小智一行在穆玄·葛雷斯藍多的幫助下向現實世界回返之時，企圖利用騎拉帝納的力量支配世界的，駕駛著高科技母艦“百萬力霸”的謎之青年，杰洛出現了。和潔咪一起繼續著探索花園之旅的小智一行沒能逃過杰洛的追蹤。 前所未有的冒險之旅的高潮，等待著你的是超越想像的“美麗奇跡”!